占领东番后，李元让登莱水师加紧巡逻，防止西班牙人的报复，同时警惕荷兰人的攻击。
与此同时，那些要流放的人也有不少人到了福建，于是李元先是修建了不少仓库，从天津运了大量的粮食过来，这是朱由校准备好的，毕竟流放上百万人到东番，前期没有任何产出，肯定要有大量的粮食。
等粮食存了不少后，李元开始让福建布政使组织将那些人送到东番，然后开始修建城池和开荒。
朱由校对东番的定义是府一级行政单位，归福建管辖。
随着人员到达，李元开始分流，在东番岛南北中都开始修筑城池。
同时守备卫所也开始清理岛上的土着，愿意投降的和流放之人一起开荒，反抗的一律绞杀。