危机解除后，宇宙文明联盟开始着手重建受创星系。莱拉和泽恩意识到，仅靠武力无法彻底维护宇宙和平，还需从根本上解决文明发展中的矛盾与冲突。于是，他们发起了“宇宙和谐共生计划”，加强各文明间的经济合作与文化交流，消除因资源争夺和观念差异引发的纷争。
艾丽西亚和凯伦看着新一代的成长与担当，深感欣慰。他们明白，宇宙的未来充满未知，但只要希望与勇气代代相传，宇宙文明便能在无尽的黑暗中，永远闪耀着希望之光。
在“宇宙和谐共生计划”的推动下，宇宙各文明紧密相连，共享资源、互通有无，呈现出一片繁荣昌盛的景象。然而，这片祥和之下，新的危机正悄然酝酿。
在宇宙边缘一处被遗忘的星区，一艘废弃的科研飞船正散发着诡异的能量波动。这股波动极其微弱，却如病毒般悄然扩散，影响着周边天体的运行规律。一个偶然路过的小型星际商队发现了异常，紧急向宇宙文明联盟发出求救信号。
莱拉和泽恩得知消息后，立即派遣一支精锐的调查小队前往事发地。当小队抵达时，眼前的飞船早已破败不堪，表面布满了奇异的晶体。这些晶体闪烁着幽冷的蓝光，似乎在吸收和转化着周围的能量。通过扫描，小队发现飞船内部的能量核心已经发生了变异，成为了这股诡异能量的源头。
正当调查小队试图进一步靠近飞船时，晶体突然释放出强大的电流，瞬间摧毁了几艘小型探测飞船。与此同时，周边原本稳定的小行星带开始出现剧烈的轨道偏移，朝着调查小队的方向袭来。小队成员们迅速启动防御系统，艰难地躲避着小行星的撞击。
在激烈的混乱中，小队成员发现这些晶体与曾经遭遇的“熵变使徒”的技术有着微妙的联系。他们怀疑这是“熵变使徒”的残余势力设下的陷阱，企图通过引发一场大规模的宇宙灾难，来报复宇宙文明联盟。
莱拉和泽恩接到汇报后，意识到了事态的严重性。他们一边组织更多的救援力量前往支援，一边紧急召集联盟的科学家们商讨应对之策。科学家们经过日夜奋战，发现这些晶体虽然危险，但它们之间存在着一种特殊的共振频率。如果能够利用这个频率，或许可以反向控制晶体，关闭能量核心。