“地牢中关押的正在健身的女人，她是谁？”
.......
一路上通过偷听不同房间士兵的对话，卡尔父子掌握的信息更多了，但也更加疑惑了。
这次的游戏内容远比游戏开头交代的故事要更加丰富，这个废弃的核武器基地也比想象中更加的热闹。
而正当小卡尔紧张的控制着斯内克继续深入，寻找关押唐纳德局长的房间时，突然发现了一个坐在马桶上一边拉稀，一边幻想地牢中女人的逗比小兵。
相比PS主机版本因为机能限制，小兵窜稀时都没有脱裤子。
凭借GP主机更强的机能，这个经典的窜稀小兵成功的把自己的屁股毫无保留的暴露给了玩家。
当然画面中也是有马赛克的。
“shit！这个小兵竟然在拉稀，这游戏也太恶搞了吧...”
小卡尔不由吐槽一句，在紧张探索中，突然发现一个窜稀小兵，实在太意外，也让人不由放松了一些。
很快在罗伊上校的提示下，斯内克来到了关押唐纳德局长房间。
通过和唐纳德局长的交谈，故事的谜题开始被揭开了一角。
原来在这个废弃的核武器基地，还有一台正在研发中、可以对全世界发动核打击的新型号合金装备‘REX’。
听到这个消息，不仅斯内克一脸震惊，卡尔父子俩同样也是震惊。
曾经在2D时代，两人就操作斯内克无数次的和‘合金装备’交过手，并且最终摧毁了它。
没想到在游戏中时间线时隔六年后，‘合金装备’的项目并没有被取消，而是一直在被秘密研发。
而现在这个台恐怖的大杀器已经被反叛的猎狐犬小队获得。
并且叛军利用精神螳螂的精神控制能力，还已经夺取了唐纳德思维中的其中一组发射密码。
如果贝克总裁的知道的另一组发射密码也被叛军得到，那叛军就能完全激活‘合金装备REX’了。
既然精神螳螂能获得唐纳德的密码，那自然也能通过精神入侵，轻松获得贝克总裁的密码了。
游戏中斯内克一阵皱眉，游戏外卡尔父子一阵激动：‘难道又要面对合金装备了吗？并且是3D版的增强型合金装备REX！’
当然，游戏刚刚开始，不可能一上来就直面最终BOSS。
在透露了两组密码可能全都被泄露后，唐纳德局长又说起了补救方案。
除了两组密码，当时还设计了一个备用的钥匙系统，在贝克总裁手中，用它也可以阻止‘合金装备’启动。