琉璃市这里，到处都是白色的房子，非常美丽。
小智正要往琉璃道馆去挑战，突然接到了组织上打来的电话。
小智得到消息，水梧桐已经快要到达那个海底洞窟，去唤醒盖欧卡了。
得到这个消息，小智立马放下挑战道馆的想法，在宝可梦中心里联络大木博士替换了宝可梦，让小刚和小遥在琉璃市的宝可梦中心里等自己，然后便坐上组织上派来的潜水艇，往128号水路上的海底洞窟的方向赶去。
到了海底洞窟的门口，小智看到，那里正通着一艘潜水艇，正是被水舰队给偷走的那一艘，库斯吉诺馆长的探险者1号。
知道水舰队的人已经先到了，小智急忙带着手下冲进去。
小卡拉米们都交给手下去解决，在即将抵达海底洞窟的最深处时，小智被阿泉给拦了下来。
“又是你，没想到你居然能发现这里，不过没关系，我正好也想找你报上次在天气研究所的仇呢，准备吃点苦头吧，觉悟吧。”阿泉道。