在宇宙联合舰队成功摧毁暗渊之境的核心，驱散邪恶力量后，宇宙迎来了一段短暂的和平时期。凌宇和他的团队们成为了宇宙中的英雄，他们的事迹在各个星系间传颂，激励着无数人投身于维护宇宙和平的事业中。
然而，和平的表象下，危机的种子却在悄然生根发芽。在宇宙的边缘，一个名为“暗影联盟”的神秘组织正在秘密崛起。这个组织由一群被邪恶力量腐蚀的科学家和强大的战士组成，他们对凌宇和宇宙联合舰队充满了仇恨，誓要为暗渊之境的覆灭复仇。
暗影联盟的首领是一个名叫“夜影”的神秘人物，他曾经是一位杰出的科学家，但在一次实验中，他意外地接触到了邪恶的暗能量，从此被黑暗力量所控制。夜影拥有着超乎常人的智慧和强大的黑暗力量，他精心策划着一场针对宇宙联合舰队的阴谋。
与此同时，凌宇和他的团队们并没有沉浸在胜利的喜悦中。他们继续在宇宙中巡逻和探索，不断寻找新的文明和资源，以提升宇宙联合舰队的实力。在一次探索中，他们发现了一个神秘的星系，这个星系中充满了奇异的能量波动，与他们之前所遇到的任何能量都不同。
凌宇决定带领团队深入这个星系进行调查。当他们进入星系后，发现这里的空间异常扭曲，时间也变得十分混乱。在星系的中心，有一个巨大的能量漩涡，仿佛是一个无底的黑洞，吞噬着周围的一切。
凌宇和团队成员们小心翼翼地靠近能量漩涡，试图找出它的秘密。就在这时，能量漩涡中突然射出一道强烈的光芒，将他们的飞船笼罩其中。飞船瞬间失去了控制，被卷入了能量漩涡中。
当飞船再次稳定下来时，凌宇和团队成员们发现自己来到了一个陌生的空间。这里的天空呈现出诡异的紫色，地面上布满了神秘的符文和古老的建筑。他们意识到，自己可能来到了一个被遗忘的古老文明的遗迹。
在探索遗迹的过程中，他们发现了一些古老的文献和记录。通过对这些文献的研究，他们得知这个古老文明曾经拥有着高度发达的科技和强大的能量技术。然而，由于一场突如其来的灾难，这个文明最终走向了覆灭。
文献中还提到，在这个遗迹的深处，隐藏着一个神秘的能量核心，它拥有着无穷的力量，可以改变宇宙的命运。凌宇和团队成员们决定深入遗迹，寻找这个神秘的能量核心。
然而，他们并不知道，他们的行动已经被暗影联盟所察觉。夜影得知凌宇等人正在寻找神秘的能量核心后，立刻派出了一支精锐部队，前往遗迹抢夺能量核心。
当凌宇和团队成员们接近能量核心时，突然遭到了暗影联盟部队的袭击。暗影联盟的战士们使用着先进的武器和黑暗力量，对宇宙联合舰队展开了猛烈的攻击。