暗影魔神得知了多元宇宙联盟封印远古意志的事情，他意识到这是一个削弱联盟力量的绝佳机会。他认为，远古意志被封印后，联盟成员们必然会放松警惕，陷入短暂的和平麻痹之中。于是，他开始策划一场针对多元宇宙联盟的突袭行动，企图一举摧毁联盟的核心力量，让整个多元宇宙陷入混乱。
暗影魔神首先派出了他的手下，对各个世界进行秘密侦查和破坏。堕落的魂师们潜入斗罗大陆，在一些偏远的村庄制造混乱和恐慌，袭击无辜的村民。他们还试图破坏史莱克学院的重要设施，干扰学员们的正常修炼。疯狂的科学家们则在科技世界散布病毒和恶意程序，导致一些关键的科技设施瘫痪，引发了局部的能源危机。黑暗魔法师们在魔法世界暗中施展邪恶魔法，制造魔法灾难，让魔法师们疲于应对。邪恶的灵晶掌控者们则在灵晶世界附近的星域设下陷阱，企图抢夺灵晶能量，破坏灵晶防线。
这些破坏行动给各个世界带来了不小的麻烦，但好在多元宇宙联盟的成员们及时发现了异常。唐三察觉到斗罗大陆上出现的邪恶魂师气息，立刻派出史莱克学院的精英魂师进行调查和围剿。霍雨浩利用灵眸武魂的精神力，追踪到了在科技世界搞破坏的疯狂科学家的踪迹，并与晓峰团队合作，将他们一网打尽。苏瑶带领着魔法议会的成员们，识破了黑暗魔法师的阴谋，成功解除了他们施展的邪恶魔法，恢复了魔法世界的平静。守护者长则亲自率领灵晶世界的守护者们，击退了邪恶的灵晶掌控者，保护了灵晶世界的安全。
尽管暂时挫败了暗影魔神的手下，但唐三等人意识到，这只是一个开始，背后隐藏着更大的危机。他们再次通过多元宇宙通讯系统召开紧急会议，商讨应对之策。唐三面色严峻地说：“这个神秘组织来者不善，他们的目的显然是要破坏多元宇宙的和平与稳定。我们必须尽快找出他们的总部，彻底摧毁他们的势力，否则后患无穷。”
晓峰通过科技世界的监测设备，分析了敌人的行动模式和能量波动，推测出神秘组织的总部可能位于一个被称为“黑暗深渊”的神秘星域。这个星域充满了强大的黑暗能量，环境极其恶劣，是一个天然的屏障，也是一个绝佳的隐藏之所。苏瑶利用魔法世界的占卜术，对黑暗深渊进行了探测，发现那里隐藏着一股极其强大的黑暗力量，与暗影魔神的气息相呼应，进一步证实了晓峰的推测。