吕布兵败后，在青琐门外驻马，焦急地对王允说：“大人，局势已经无法挽回，您快走吧！”王允却一脸坚定地回答：“安定国家，是我一生最大的心愿。如果不能实现，我愿意以身殉国。如今朝廷的幼主只能依靠我，在这种危难时刻，我怎能苟且偷生？你替我向关东的各位豪杰致谢，希望他们以国家为重。”李傕、郭汜等人攻入长安城后，屯兵在南宫掖门，他们疯狂地屠杀朝廷官员，太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等都惨遭杀害，死于这场战乱的官吏和百姓更是不计其数。
王允带着天子登上宣平城门，想要躲避战乱。李傕等人来到城门下，假装恭敬地伏地叩头。汉献帝愤怒地斥责他们：“你们怎能如此作威作福，放纵士兵肆意妄为？到底想干什么？”李傕等人却狡辩道：“董卓对陛下忠心耿耿，却无缘无故被吕布杀害。我们只是为董卓报仇，不敢有叛逆之心。等事情结束，我们愿意到廷尉那里去接受惩罚。”王允在走投无路的情况下，只能出城与李傕相见，结果李傕毫不留情，将王允以及他的妻子、宗族十多口人全部杀害。长安城中的百姓，无论男女老少，看到这一幕，都忍不住流下了伤心的泪水。
王允，字子师，是太原祁人。他年少时就有远大的志向和高尚的气节，名士郭泰见到他后，对他的才华和品德大为赞赏，惊叹道：“王生前途无量，有辅佐帝王的才能啊！”郭泰虽然在当时已经是声名远扬的前辈，但还是主动与王允结交为好友。后来，三公纷纷征召王允，他先后担任豫州刺史等重要官职，还曾征召荀爽、孔融为从事，之后又升迁为河南尹、尚书令。等到他成为司徒，一心扶持王室，坚守大臣的气节，从天子到满朝文武，都对他十分倚重。董卓也曾信任他，将朝廷的事务交给他处理。华峤曾评价说，士人凭借正直立身，依靠谋略成事，秉持大义成就功名。王允当初接近董卓并分化他的权力，寻找时机揭露他的罪行，在当时那种复杂的局势下，他的做法看似与董卓合作，实则是为了拯救天下。他的出发点是忠义，所以接近董卓并非失去正道，分化权力也不算不义，寻找时机更不是奸诈，正是因为他的谋略和大义，才让他的行动最终回归到正道上。
李傕等人在报复完之后，将董卓安葬在郿地。可没想到，葬礼当天，突然狂风暴雨大作，董卓的坟墓被雷电击中，雨水灌进墓室，他的棺椁都被冲走了，仿佛连上天都在对他的恶行表示愤怒。
李傕因这次叛乱，被封为车骑将军、池阳侯，还兼任司隶校尉，持节都督军事；郭汜被封为后将军、美阳侯；樊稠被封为右将军、万年侯。他们三人掌控了朝政大权，在长安城中肆意妄为。而张济则被封为骠骑将军、平阳侯，屯兵在弘农。自此，长安又陷入了李傕、郭汜等人的黑暗统治之下，百姓们依旧生活在水深火热之中，看不到一丝希望。
这一年，韩遂、马腾等人率部归降，来到了长安。朝廷为安抚他们，封韩遂为镇西将军，命他返回凉州；封马腾为征西将军，让其屯兵郿地。然而，看似平静的局势下，一场新的阴谋正在悄然酝酿。