青龙年间，山阳公（汉献帝刘协）去世。王肃上疏建议：
“古代唐尧禅位虞舜、虞舜禅位夏禹，继位者都服丧三年后才正式即位，因此帝号不受损，君臣之礼得以保存。如今山阳公顺应天命，禅位大魏，退居宾位。他侍奉魏国尽忠尽节，魏国对待他尊崇而不以臣下相待。如今他去世，丧葬规格与帝王相同，远近之人都称赞这是盛德之举。
汉代皇帝称号为‘皇帝’，‘皇’与‘帝’有别，‘皇’的地位略低于‘帝’。如汉高祖时，天下无两王，他的父亲健在但仅称‘太上皇’，显然‘皇’与‘王’并不冲突。如今为山阳公确定谥号，可称‘皇’以匹配其尊荣。”
魏明帝未完全采纳，最终追谥刘协为 “汉孝献皇帝”，允许称 “皇” 但保留 “帝” 号。（孙盛评论：“与神灵契合者称皇，与天道契合者称帝，‘皇’的尊号高于‘帝’。王肃认为‘皇’比‘帝’轻，实为谬误。” 裴松之反驳：“上古称‘皇皇后帝’，先‘皇’后‘帝’，但汉代尊父为‘皇’，实则有贵无位，与‘帝’相比确实较低。魏国沿用汉礼，王肃的建议是基于汉制，孙盛的批评实为讥讽汉代制度，而非针对王肃。”）
后来，王肃以散骑常侍身份兼任秘书监（负责皇家典籍的官职）和崇文观祭酒（文化机构主管）。魏明帝景初年间，朝廷大规模营建宫室，导致百姓荒废农业生产，朝廷信守承诺的风气不盛，刑杀举措往往仓促决断。王肃上疏指出：
“大魏承接百代王朝的基业，百姓人口稀少，战争尚未完全停息，此时正应让百姓休养生息，以清静政策安抚远近之人。要积蓄国力、使疲惫的百姓得到休息，关键在于减少徭役、鼓励农耕。如今宫室尚未建成，工程仍在进行，粮草运输和人力征调频繁，百姓疲于劳役，农民离开农田，种粮的人少，吃粮的人多，旧粮已耗尽，新粮未接上，这是国家的大隐患，并非未雨绸缪的长远之计。”
“如今参与营建的工匠有三四万人。九龙殿足以让陛下安居，内部也足够容纳六宫嫔妃，显阳殿即将完工，唯有泰极殿之前的工程规模仍大。眼下即将进入寒冬，工匠可能因寒冷患病。恳请陛下颁布仁德诏书，深切怜悯役夫的疲劳，关怀百姓的生计，从非紧急工程中挑选身强体壮的工匠，留下一万人，让他们每年轮换一次。这样众人都知道休息有盼头，就会愉快地投入工作，虽劳累却无怨言。按此计算，一年有三百六十万工时，力量并不少。原本一年完成的工程，可允许三年完成。将其余工匠遣散务农，这才是长久之计。粮仓有充裕的粮食，百姓有剩余的劳力，用此来兴办工程，何事不成？用此来推行教化，何教不兴？”