当飞船冲破母舰的外层防御时，众人被眼前的景象震惊——母舰内部布满了机械与血肉融合的改造人，他们的身体上插满紫色能量管，正在进行某种诡异的仪式。中央祭坛上，一个巨大的齿轮装置正在运转，齿轮缝隙间渗出的紫色黏液，与阿黎在“星潮号”遭遇的混沌石碑如出一辙。“他们在制造新的混沌容器！”焰心的链刃甩出，玄冥核心残片在接触黏液的瞬间疯狂吸收能量，却也让她的瞳孔闪过一丝紫光。
朔月与黎昭在皇宫收到紧急通讯时，星图室的警报声此起彼伏。整个联邦星域都出现了机械教团的活动痕迹，他们以锈蚀港为据点，向周边星域扩散。更令人不安的是，部分星域的能源中枢检测到异常数据流，与零在对抗中截取到的黑客代码完全一致。“他们的目标不只是记忆晶核。”黎昭的指尖划过星图上的红色标记，“机械教团正在构建一个覆盖半个联邦的混沌能量网络。”
程晚意与曦瑶的支援舰队在赶赴途中遭遇伏击。敌方战舰的主炮射出的不是常规能量束，而是由混沌物质与金属颗粒混合的“腐蚀弹”。程晚意的归墟破晓弓射出净化箭矢，却发现箭矢在接触腐蚀弹的瞬间，竟被分解成齑粉。“这些武器经过特殊改造！”她大喊着指挥舰队变换阵型，“集中火力攻击敌舰的能源核心！”曦瑶则在后方用净魂莲法器制造防护屏障，笛声所到之处，腐蚀弹的侵蚀速度明显减缓。
阿黎等人在母舰内部的战斗进入白热化。机械教团的改造人源源不断地涌来，他们的机械义肢能根据攻击类型切换形态——面对光莲法杖的净化之力，立刻生成吸收光能的镜面；遭遇暗莲匕首的黑雾，又化作吞噬黑暗的旋涡。星野在混战中发现了改造人的弱点：他们颈部的能量接口处，存在零点三秒的反应延迟。“攻击他们的后颈！”他大喊着挥剑，星辰剑精准刺入一个改造人的能量接口，守护咒文的光芒顺着接口蔓延，将其彻底摧毁。
零在数据层的战斗同样凶险。他的意识体在由代码构成的虚拟空间中穿梭，躲避着如潮水般涌来的病毒程序。当他终于突破防线，进入母舰的核心系统时，却发现这里隐藏着更惊人的秘密——机械教团与艾尔文家族的某个分支达成了交易，他们用混沌科技帮助对方建造巨型要塞，而作为交换，艾尔文家族为其提供混沌能量的稳定来源。更可怕的是，他们的最终目标，是将整个星陨联邦的居民改造成混沌与机械的混合体。