“那家伙欠了我钱不还，我也一直在找他，怎么可能杀了他？我还指望他还钱呢！”黑田怒吼道。
虽然黑田极力否认，但柯南和灰原哀并没有排除他的嫌疑。在调查黑田的过程中，他们发现黑田与一个神秘的宗教团体有往来。这个宗教团体行事诡异，经常在一些隐蔽的地方举行秘密仪式。
柯南和灰原哀决定深入调查这个宗教团体。他们通过一番周折，终于找到了该团体的聚会地点。在那里，他们发现了一些与案发现场相似的符号和道具。经过进一步调查，他们锁定了宗教团体中的一名骨干成员——木村。
木村是一个狂热的宗教极端分子，他认为山本一郎这种不务正业、负债累累的人是社会的渣滓，应该受到惩罚。他以帮助山本一郎偿还债务为诱饵，将山本一郎骗到废弃教堂，对其进行了残酷的折磨并处死，还将尸体倒吊在十字架上，以彰显所谓的“神罚”。
在掌握了充分的证据后，警方迅速出击，将木村逮捕。倒吊十字架尸体案成功告破，城市再次从这起恐怖案件的阴影中走了出来，而柯南和灰原哀也继续守护着城市的安宁，随时准备迎接新的挑战。