在警方对藤井的住所进行搜查时，在地下室找到了一个隐藏的暗格，里面存放着一些女性衣物和首饰，还有一把带血的手术刀，很可能就是斩首凶器。
在确凿的证据面前，藤井终于坦白。原来，他沉迷于女手工艺人的作品，多次求爱无果后，心生邪念。他用镇定剂迷晕女手工艺人并囚禁在家中，试图强迫对方接受自己，却遭到激烈反抗。慌乱之下，他失手将其杀害，为了掩盖罪行，斩下头颅并埋尸于建筑工地。
无头女尸案成功告破，柯南和灰原哀再次让真相大白于天下，城市又恢复了往日的平静。
随后江户川柯南回到了警局整理今天的无头女尸案子结论，灰原哀给柯南倒了杯咖啡，满是柔情说:没想到死者生前受到这么大的折磨与伤害真是人性啊！。柯南回答:罪人心人性的险恶决定他会犯下如此案子。
这座城市罪犯凶手蠢蠢欲动准备犯下新的案子审判罪犯，决定，人心，柯南灰原哀，下定誓死守护这座城市安宁。新的案子会如何上演出新的开始。