就在他们准备进一步调查时，突然听到了一阵脚步声。原来是科技社团的指导老师王老师来了。王老师看到他们在这里，非常生气，问他们为什么半夜跑到活动室来。
柯南和灰原哀把他们调查到的事情告诉了王老师，王老师听后脸色变得很苍白。他犹豫了一下，最终还是说出了真相。
原来，王老师为了让自己的科研项目得到学校的更多资金支持，想要通过破坏这次考试来证明学校的考试制度有问题，从而让学校重视他的科研项目。于是，他就想出了让学生交白卷的办法，还制造了那些神秘信件来吓唬学生。
柯南和灰原哀听后，觉得王老师的做法太过分了。他们告诉王老师，这种行为是不对的，不仅伤害了学生，也破坏了学校的秩序。王老师听了他们的话，感到非常后悔，决定向校长坦白一切，承担自己的责任。
第二天，王老师向校长承认了自己的错误，学校也对他进行了相应的处罚。那些交白卷的学生也重新参加了考试，这件事情终于得到了圆满的解决。
柯南和灰原哀以及少年侦探团的小伙伴们也通过这次事件，明白了遇到问题要冷静思考，勇敢地去寻找真相，不能被表面现象所迷惑。