七月二十八日，光绪帝谕令将阻挠新政的礼部尚书怀塔布、许应骙等六堂官全部革职，同时破格提拔赞同变法的侍读学士徐致靖、御史宋伯鲁等。这是清朝历史上罕见的人事大地震，消息传出，内务府大臣立山在颐和园向慈禧哭诉："皇上连老佛爷的人都敢动了！"
此时的颐和园，成为了守旧派的避难所。怀塔布的妻子跪在慈禧面前，将光绪帝的谕旨一件件念出，说到"允许官民上书言事，不得阻挠"时，慈禧手中的佛珠戛然停住："他是要把天下人都召来骂我吗？"一旁的荣禄低声附和："新政太急，已致人心惶惶，直隶绿营兵丁都说，再裁兵饷就要哗变了。"
紫禁城的南书房，光绪帝正与康有为彻夜长谈。康有为力主"设议院以通下情"，光绪帝却叹息："太后不允，奈何？"（《康南海自编年谱》）君臣二人最终商定，先从经济、教育入手，待时机成熟再议政治改革。但年轻的皇帝显然已按捺不住，八月初，他竟直接谕令袁世凯编练新军，"着即酌带所部，迅速来京"，试图掌控军权。
这一举动让荣禄大为惊恐。他连夜从天津赶回北京，在颐和园密奏慈禧："袁世凯野心勃勃，若为帝所用，恐生大变。"（《戊戌纪略》）慈禧随即下令："九月初，朕将赴天津阅兵，着荣禄届时调度各军。"
此时的京城已如沸腾的油锅。吏部主事陈三立（曾国藩之孙）在给父亲陈宝箴的信中描述："每日朝堂之上，新旧两党如同水火，御史杨崇伊连日递折，请太后训政，言辞甚急。"（《散原精舍文集》）
九月初，光绪帝的谕旨更加密集。他下令"各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼习中西学之学堂"，又谕令"八旗蒙古汉军各旗，均改练洋枪队"。最激进的是，他竟准备撤销总理衙门，改设"外务部"，这直接触动了奕匡等亲王的利益。