为培养技术人才，他创办南京高等师范学校（今南京大学前身），聘请张謇为名誉校长，开设农科、工科等实用专业。1915年视察江南制造局时，他提出“五年内实现步枪国产化”，亲自拨款500万元引进德国克虏伯生产线，使该厂年产能从5000支跃升至2万支 。
1917年出任代理总统后，冯国璋面临段祺瑞“武力统一”与孙中山“护法运动”的双重压力。他提出“和平统一”方案：承认西南各省自治，换取其对中央政府的名义效忠，并密遣女婿陈之骥赴湘，策动湘军将领联名通电主和 。此举触怒段祺瑞，皖系军阀联名通电指责冯国璋“卖国求荣”，段祺瑞甚至扬言“宁亡于外寇，不亡于南军”。
在对德宣战问题上，冯段矛盾达到顶点。冯国璋主张“严守中立”，段祺瑞则坚持参战以获取日本贷款。1917年5月，冯国璋愤然免去段祺瑞职务，引发皖系八省独立。为避免内战，他被迫启用王士珍组阁，却导致张勋借机复辟 。事后他通电全国：“国璋今日之不赞成复辟，亦犹前之不主张革命”，虽挽回部分声誉，却已丧失对北洋军的实际控制权。
1918年被迫辞职后，冯国璋退居河间故里，仍心系国事。他在致徐世昌的信中写道：“南北相争，如兄弟阋墙，外人必乘虚而入。望公以国家为重，早开和谈” 。临终前，他口授遗言：“和平统一，身未及见，死有遗憾”，并将生平积蓄300万元捐作赈灾款，仅留十余万银元供家人度日 。
冯国璋在军事上堪称近代化先驱，训练出中国第一支现代化陆军；在政治上却始终未能摆脱派系窠臼，最终沦为军阀混战的牺牲品。正如历史学家张立真所言：“冯华甫者，治世之能臣，乱世之钝将也。其功在强军，其过在误国” 。