湄洲岛孤悬东海，渔舟点点似繁星，自唐迄宋，便有先民在此耕海为生。岛南有林氏一族，世代以渔为业，兼营海运，至宋建隆元年（公元960年），族中出了位名叫林愿的长者，官至都巡检，为人忠厚，乐善好施，只是年过半百，膝下唯有五子一女，却总盼着再添一位聪慧康健的孩儿，以续家族香火。
这年秋天，林愿之妻王氏夜梦一轮明月坠入怀中，继而化作一颗莹白明珠，入口即化，醒来时满口异香，腹中竟有了胎动。此后十月，王氏常闻腹中似有海浪轻响，窗前总有紫雾萦绕，邻里皆称奇异。宋建隆元年三月二十三日，湄洲岛忽起祥云，红光从林家宅院冲天而起，映得海面如火烧一般，海风送来阵阵檀香，王氏腹中阵痛，不多时便诞下一名女婴——这女婴自出生起便不啼不哭，双目澄澈如秋水，望着窗外的大海，竟似有会意之色。林愿见她沉静异常，便取名“默娘”，小名“林默”。
默娘自幼便与寻常孩童不同。三岁时，见邻人祭拜海神，她竟能指着海面说出“明日南风起，不宜出海”，次日果然刮起南风，出海的渔船因未备足绳索，险些被浪打翻。五岁时，父亲教她读书，《论语》《孝经》过目成诵，对《山海经》中海外诸国的记载格外痴迷，还能画出海中岛屿的形状，说“此乃避风之所”。八岁入私塾，先生讲《周易》，她忽然起身道：“乾为天，坤为地，坎为水，海之险在坎，护海之德在仁，若能以仁合天，便可化险为夷。”先生大惊，以为她是“天授慧根”。
十岁那年，默娘随母亲去普陀山进香，行至海边，见一老渔民望着海面垂泪——他的儿子驾船去外海捕鱼，已过三日未归，怕是遭了海难。默娘走到老渔民身边，闭目片刻，睁开眼道：“阿公莫哭，你儿的船被风吹到了东碇岛，明日午时，南风会送他回来。”老渔民半信半疑，次日午时果然守到了儿子的渔船，船身虽有破损，人却安然无恙。自此，“林默娘身怀异能”的消息便在湄洲岛传开了，渔民们出海前，总爱去林家问一问风向，默娘的回答从未落空。
十三岁时，有位云游道士路过湄洲，见默娘立于海边，便赠她一柄“玄真拂尘”，道：“此拂能辨风势、镇浪涛，你日后当为海疆福祉，莫负此器。”默娘接过拂尘，只觉一股清凉之气从指尖涌入，再看海面，竟能清晰见到底下的暗礁与洋流。此后，她常提着一盏红灯，站在湄洲山的最高处，每当海上起雾或风暴将至，便点亮红灯，指引渔船返航。渔民们说，那盏红灯比天上的北斗还亮，只要见着红灯，心里就踏实多了。
默娘十七岁那年，父亲林愿奉命押运粮草，乘船前往泉州。出发前，默娘拉住父亲的手，神色凝重：“父亲，此次出海，三日後将遇黑风，船会在乌丘屿附近遇险，您一定要让船员备好救生筏，且莫贪念粮草。”林愿虽信女儿的本事，却觉得“黑风”之说太过离奇，只当是女儿担心过度，还是按原计划出发了。