当两人将密钥碎片和芯片同时插入囚笼的接口时，整个商业街的电子设备突然重新启动，播放起二十年前的新闻画面。画面中，苏晴母亲站在永夜生物的奠基仪式上，身旁站着的，竟是林远和沈冽的父亲。而在画面角落，一个戴着兜帽的人正在调试基因编辑设备，他手腕上的齿轮印记，与林远的如出一辙。
“不可能...” 沈冽的声音带着颤抖，电磁步枪差点脱手。基因囚笼开始震动，那些沦为傀儡的人们眼中闪过一丝清明。林远趁机将第二片密钥碎片嵌入沈冽的芯片，两人周身迸发的数据流中，浮现出苏晴母亲实验室的平面图 —— 在地下室的最深处，藏着一个标注为 “Omega 核心” 的神秘装置。
就在基因囚笼即将崩溃时，苏晴母亲的全息投影突然伸出无数基因触手，将所有密钥碎片吸向基因塔。林远的机械心脏疯狂跳动，他想起父亲实验室里那幅被烧毁的城市规划图，突然意识到，整个城市的布局本就是一个巨大的基因密钥。“沈冽，市政厅的钟楼！” 他大喊，“那里是城市的几何中心，也是基因网络的核心节点！”
两人冲破基因守卫的阻拦，朝着市政厅狂奔。身后，基因黏液如潮水般涌来，所到之处，建筑纷纷被改造成齿轮状的诡异结构。当他们抵达钟楼时，发现入口处站着一排基因守卫，为首的，竟是沈冽失踪多年的父亲。
“爸...” 沈冽的声音哽咽，电磁步枪微微颤抖。沈父的机械义眼闪过红光，举起手中的基因武器，枪口对准儿子。林远突然挡在沈冽身前，将最后一片密钥碎片按在钟楼的时钟表面。齿轮开始逆向旋转，发出震耳欲聋的轰鸣，沈父眼中的红光逐渐消退，恢复了一丝清明。
钟楼的齿轮咬合声愈发急促，沈冽颤抖着伸手想要抓住父亲消散的残影，却只触到满手冰凉的数据流。林远的机械义眼飞速解析着钟楼墙面浮现的基因图谱，那些复杂的螺旋结构与他记忆中父亲实验室的笔记完全吻合。突然，整个市政厅开始剧烈摇晃，地面裂开的缝隙中钻出缠绕着齿轮的藤蔓，将两人牢牢缠住，而远处基因塔的暗紫色光芒已经近在咫尺。
“快走...” 沈父艰难地开口，“Omega 核心... 需要双生齿轮...” 话未说完，他的身体开始透明化，化作数据流融入钟楼的系统。基因塔顶端传来苏晴母亲的怒吼，暗紫色光柱如末日审判般射向市政厅。林远和沈冽对视一眼，同时将手按在钟楼的控制台，齿轮印记与向日葵图案完美重合，整座城市的基因网络开始逆向运转。