不过，对于这件事，后世的史学家裴松之却有不同的看法。他觉得蔡邕虽然被董卓亲近任用，但他肯定不会与董卓同流合污。蔡邕难道不知道董卓的奸恶吗？他是天下人都痛恨的大恶人，蔡邕听到他的死讯，按道理是不会叹息的。就算真的叹息了，也不应该在王允面前表现出来。裴松之认为这可能是谢承记载有误。司马迁所着的《史记》，对后世有着巨大的贡献，王允说汉武帝应该早点杀了司马迁，这根本就不是有见识的人会说的话。司马迁只是如实记录了汉武帝的过失，并没有诋毁他。王允一向忠诚正直，本不该因为担心被诋毁就冤枉杀害蔡邕这样的好人，这些记载实在是太荒谬了。
在张璠所着的《汉纪》中，还有这样一段记载：当初，蔡邕因为上书谈论政事而被流放，他的名声却因此传遍了天下，很多有志向的人都被他的忠义所感动。后来他被赦免回来，却遭到宫中宠臣的厌恶。蔡邕害怕受到迫害，就逃到了海滨地区，在太山羊氏那里寄居了十年。董卓担任太尉的时候，征召蔡邕为掾属，因为他才华出众，很快就被提拔为侍御史、治书御史，短短三天就做到了尚书。后来又被调任为巴东太守，董卓又上奏把他留在朝中，任命为侍中，到了长安后，又担任左中郎将。董卓非常看重蔡邕的才华，对他优厚相待。每次朝廷有大事，常常让蔡邕起草诏书。等到王允要杀蔡邕的时候，很多名士都为蔡邕求情，王允后来也后悔了，想要停止行刑，可那个时候，蔡邕已经死了。
在董卓权倾朝野之时，他的女婿、中郎将牛辅奉命率领军队，屯驻在陕地。牛辅还派遣校尉李傕、郭汜、张济等人，分别攻略陈留、颍川等地的县城。一时间，这些地方百姓苦不堪言，饱受战乱之苦。
然而，随着董卓在长安被王允、吕布等人设计诛杀，局势瞬间发生了天翻地覆的变化。吕布派李肃前往陕地，打算凭借天子的诏书，将牛辅就地正法。牛辅得知消息后，毫不畏惧，立即率军与李肃展开激战。李肃没想到牛辅如此顽强抵抗，一番拼杀后，他抵挡不住，只能狼狈地逃往弘农。回到长安后，吕布见李肃任务失败，大怒之下，将李肃斩杀。