第二处火种藏在太平洋深处的亚特兰蒂斯残骸。当众人驾驶特制潜艇抵达时，发现海底城市正在被无数机械章鱼吞噬，这些章鱼的触须上缠绕着青铜图腾。姜清瑶的能量炮轰碎章鱼外壳，却引发更强烈的反击。关键时刻，林星发现章鱼核心处的能源装置存在频率漏洞，他将干扰器调整至特定频率，成功瘫痪机械章鱼群。在城市废墟的神庙中，他们找到刻着海神三叉戟图腾的火种，火种苏醒的瞬间，整个海底城市升起金色防护罩。
随着文明火种逐一唤醒，黑袍人的感知也愈发敏锐。在第七枚火种觉醒时，众人遭遇了前所未有的危机。一片由纯粹的黑暗构成的星云突然笼罩飞船，星云中有无数双眼睛闪烁，黑袍人的声音从四面八方传来：“渺小的虫子，妄图挑战棋手的权威？你们唤醒的火种，不过是棋盘上更美味的诱饵。”
话音未落，星云化作十二道黑影发动攻击。这些黑影的形态不断变换，时而化作观测者的机械触须，时而变成仲裁者的晶体铠甲。张小柔将七枚火种融入融合密钥，七色光芒与黑暗力量激烈碰撞。战斗中，她的法典突然浮现出初代家主最后的记忆：原来在千年前，棋手就曾试图操控时间长河，初代家主为了阻止他，才创造了双面密钥和逆熵罗盘。
“他害怕文明拥有自主选择的力量！”张小柔大喊，“火种的真正力量，不是对抗，而是唤醒所有文明的觉醒意识！”她将密钥高举，七枚火种的光芒化作光柱射向宇宙，无数文明星球上，沉睡的守护者们纷纷苏醒。黑袍人的笑声戛然而止，星云开始崩解，但在消散前，他留下冰冷的警告：“棋局的终章，才刚刚开始...”