条约还规定："永远禁止中国人民成立或加入任何'与诸国仇敌'的组织，违者处死"，地方官若辖区内发生反帝事件"必须立时弹压惩办"，否则"即行革职，永不叙用"。这条款如同给国人戴上了精神枷锁，两江总督刘坤一在给友人的信中叹息："此后民气益沮，国将不国。"（《刘坤一遗集》）
光绪二十七年七月二十五日（1901年9月7日），签约仪式在西班牙使馆举行。李鸿章穿着朝服，由两名侍卫搀扶着走进大厅，各国公使端坐两侧，目光如刀。庆亲王奕匡的手抖得握不住笔，李鸿章轻声说："王爷莫慌，天下骂名，我一人担之。"（《清史稿·李鸿章传》）
当他在条约上签下"李鸿章"三个字时，笔尖在纸上停留了许久。这一幕被法国记者拍下，照片后来刊登在《小巴黎人报》上，配文写道："一个帝国的葬礼。"
签约后，俄国公使格尔思单独找到李鸿章，提出要签订《中俄密约》，企图攫取东北的铁路权和采矿权。李鸿章此时已油尽灯枯，只是闭目摇头。他在当天的日记中写道："此生所签条约，以此为最辱，不觉涕下。"（《李鸿章未刊日记》）
消息传回西安行在，慈禧正忙着准备回銮，得知条约签订竟长舒一口气："总算平安了。"（《德龄公主回忆录》）而被囚禁在瀛台的光绪帝，听到"赔款4.5亿两"的消息时，砸碎了案上的玉如意，哭喊着："如此下去，朕何面目见祖宗！"（《光绪朝起居注》）