很久以前，天地刚分开时，三界秩序混乱，星辰乱转、战乱频发、大地破败、亡魂无依。后来，经元始天尊授意，玉皇大帝率先修成大道——他本是净德国太子，放弃王位修行，历经无数劫难后飞升天界，成为统管三界的至尊，平定了共工撞断天柱的大乱，确立了天界基本秩序。而紫微、勾陈、后土三位尊神，也先后凭借自身功德得道，与玉皇共同组成“四御”，各司其职，护佑三界万年安稳。
紫微大帝的来历，和天界的“紫微垣”密不可分——那是环绕天帝居所的核心星区，就像天界的“中枢护卫圈”，《史记·天官书》里早就记载过，紫微垣是三垣（天界三大星区）的中心，专门负责守护天帝相关的星象。他本是混沌初开时，紫微垣里先天紫微星凝聚的灵气，慢慢有了自己的意识。
最初，天上的星辰毫无章法：火星总向天帝所在的星区闯去，金星甚至白天都能看见，人间跟着遭了殃——要么打仗，要么闹旱灾，老百姓苦不堪言。元始天尊看出紫微星灵心善，就化作一个老道找到他，说：“你是星辰的精华，该担起‘稳住星象、护佑人间’的责任。我把《紫微斗数》传给你，你好好修炼，就能靠它安定星辰、给百姓消灾。”
紫微星灵赶紧拜谢，接着就躲进紫微垣深处修行。他每天观察星辰运转，记下来它们的轨迹，再对照《紫微斗数》琢磨规律，慢慢摸清了“星象和人间互相联系的规律”——紫微垣稳，人间就太平；火星乱晃，人间就容易打仗。修了一万年，他终于化成了人形：脸像白玉，穿紫色长袍，手里拿一支“紫微定星笔”，一挥手就能调动星辰的力量。
有一年，人间突然大旱，河里的水全干了，草和树都枯死了，老百姓跪在地求雨。紫微大帝抬头一看星象，立马发现问题：火星偏离了正常轨道，直往紫微垣冲，红光像着火一样，正是旱灾的根源。他赶紧拿着定星笔飞到火星旁边，用笔一点火星，嘴里念道：“星辰有自己的规矩，别乱闯！火星归位，快降大雨润大地！”火星被定星笔的力量拉回了轨道，紫微大帝又引来天河的水，变成甘霖洒向人间。老百姓见雨来了，都喊“紫微救了我们”，从这以后，大家都知道“紫微大帝掌管人间的祸福”。
还有一次，人间诸侯混战，你打我我打你，老百姓逃的逃、死的死。紫微大帝探查星象，发现金星白天出现了——这是“战乱不止”的信号。再仔细查，原来是有个诸侯找了个妖道帮忙，用邪术骗老百姓，想夺天下。紫微大帝就化作一个隐士，到那个诸侯的军营里，用《紫微斗数》拆穿了妖道的把戏，还劝诸侯：“星象已经警告你了，再打仗会遭天谴的。”诸侯不听，紫微大帝就调动星辰的力量，让军营当晚刮起大风，把帐篷全吹毁了。诸侯这才知道是上天发怒，赶紧停战投降，人间又恢复了安稳。
玉皇大帝见紫微大帝能稳定住星辰、护佑百姓，就把他召到凌霄宝殿，封他为“中天紫微北极大帝”，让他专门管星辰运转和人间祸福，住在紫微垣里当“星官的老大”。之后只要星辰一乱，紫微大帝就去调整；人间因为星象引发的灾祸，也都是他帮忙化解的。