远古时代，神农氏的势力逐渐衰落，各地部落互相攻伐，残害百姓，而神农氏已经没办法征讨这些部落。当时，天下九州之内，洪水灾害还没平息，茂密的丛林遍布大地，部落零散分布，各自占据山川之地，互相掠夺。
有熊国的首领少典，娶了有蟜氏的女子附宝做王妃。一天，附宝在郊外行走，突然遇到北斗七星中的枢星发出感应，一道流光从天上坠落，绕着她的身体转了三圈。当天夜里，附宝梦见一条苍龙钻进自己怀里，醒来后就怀有身孕，经过二十四个月，最终在寿丘生下一个儿子。这个孩子天生就有神灵之气，还在襁褓中就会说话，幼年时思维敏捷、聪慧过人，长大后忠厚勤勉，成年后更是明辨事理、极具智慧，少典便给他取名“轩辕”——他就是后来被尊为华夏共同祖先的黄帝。
轩辕长大成人后，继承了有熊国的基业。当时天下共同的首领神农氏（炎帝）的后代，管理松弛，部落联盟也慢慢瓦解。轩辕于是修养德行、整顿军队，研究五行之气的变化规律，教导民众种植五谷，安抚百姓，丈量四方土地，还教人们砍伐树木建造房屋、开垦土地耕种庄稼，用粟米作为粮食，用麻纺线制作衣物，百姓都对他心悦诚服。但炎帝的后裔榆罔，还想维持共同首领的地位，于是和轩辕在阪泉的原野上交战。第一次交战时，轩辕的部众用石头当作武器，榆罔的部落凭借神农氏的余威，驱赶野兽组成军阵，轩辕的军队稍稍后退。轩辕这时领悟到“德行才是用兵的根本”，于是在夜里焚香祭拜上天，希望用仁德感化对方，而不是靠武力征服。第二天，上天降下甘霖，洗去了阵前的暴戾之气，轩辕亲自率领族人拿着农具站在阵前，向对方展示耕种带来的好处；又命令伶伦用芦苇制成乐器吹奏，演奏《承云》这首乐曲，乐声和谐舒缓，榆罔部落的人听到后，都扔下武器痛哭起来。榆罔被轩辕的仁德感动，于是率领部落归附，两个部落合并为一，华夏部落联盟从此初步形成。轩辕也尊称榆罔为“炎帝”，共同继承神农氏的祭祀礼仪。
但混乱的时代还没结束，南方九黎部落的首领蚩尤，有八十一个兄弟，个个都是野兽的身体、人的面孔，铜做的头颅、铁铸的额头，能吃沙子和石头，还能呼唤风雨。蚩尤看到轩辕和炎帝联合，便率领九黎的部众向西入侵中原，所到之处，烧毁农田和房屋，掠夺人口和牲畜，百姓都四处逃亡。轩辕想用品德感化他，先后三次派遣使者去沟通，可蚩尤每次都杀掉使者，还撕裂使者的尸体来羞辱轩辕。轩辕叹息道：“不是我喜欢打仗，而是这个残暴的恶贼不被上天容忍啊！”于是在涿鹿召集诸侯，誓师讨伐蚩尤。
涿鹿的原野上，阴冷的狂风呼啸不止，黑色的雾气四处弥漫。蚩尤命令风伯飞廉掀起大风，雨师屏翳降下大雨，片刻之间，狂风席卷大地，暴雨倾盆而下，地上的积水达到一丈多深，轩辕的军队阵脚大乱。轩辕登上高台眺望，看到蚩尤军队中弥漫的黑色雾气像毒蛇一样缠绕，知道这是妖术，于是取出昆仑山的玉石制成玉璧，焚香向天地祷告。不久，天空中闪现金色光芒，一条黄龙从云层中跃出，鳞片像太阳的光芒一样流淌闪烁，这正是轩辕召唤来的应龙。应龙张嘴把地上的积水引向东海，地面渐渐显露出来。蚩尤见状大怒，又召来夸父族的巨人，这些巨人手持巨大的木头，想要撞毁轩辕的营垒。轩辕急忙命令应龙叼着燃烧的石头投过去，石头落到地上就燃起大火，烈焰冲天，夸父族的人忍受不了火烤，纷纷后退。
可蚩尤的神通还没用尽，又制造出大雾，大雾连续三天都没散开，轩辕军队的将士全都迷失了方向，甚至互相惊扰。轩辕于是在夜里观察天象，发现北斗星的斗柄始终指向南方，便命令风后按照北斗星的形状，制造出“指南车”。指南车中间立着一个木人，木人的手永远指向南方，就算在大雾中，军队也不会迷失方向。与此同时，轩辕听说西方有位名叫女魃的女神，住在赤水的北边，身上带着像烈日一样的火焰，能止住风雨。于是派遣使者拿着玄圭（黑色的玉圭）前去邀请，女魃被轩辕拯救百姓的心意感动，便跟着使者来到前线。刚到阵前，女魃展开衣袖一挥，身体周围腾起灼热的红色雾气，大雾立刻消散，暴雨也停了下来，太阳重新高悬天空。蚩尤军队中的水汽快速蒸发，士兵们都口干舌燥，再也没有力气作战。
轩辕见时机成熟，手持轩辕剑率领军队冲锋——这把剑是采用昆吾山的赤铜，经过三百六十天冶炼铸造而成的，剑铸成那天，有一条青龙绕着熔炉鸣叫。蚩尤带领八十一个兄弟拼死抵抗，用铜头铁额迎着剑锋撞击，火星四处飞溅，可轩辕剑锋利无比，竟然能斩断他们的铁额。应龙也在阵中盘旋，用爪子抓、用嘴啄，九黎部落的人伤亡惨重。蚩尤见形势危急，想化作一阵风逃跑，女魃抛出一团红色火焰，把他的身形定住。轩辕追上前，一剑砍下蚩尤的头颅。蚩尤的头颅落到地上，化作一片红色的枫树林，直到现在，涿鹿还有“蚩尤血”这个地名，传说就是当时蚩尤鲜血浸染而成。